Ludwik Rydygier wurde 1850 in Dusocin, einem Dorf bei Grudziadz (Graudenz), geboren und besuchte von 1859 – 1861 das Gymnasium in Chojnice (Konitz). 1861 wechselte er ans Gymnasium in Chełmno (Culm), an welchem er 1869 das Abitur ablegte. Von 1869 bis 1878 studierte Rydygier in Greifswald und übte eine wissenschaftliche Tätigkeit in Jena aus.
Danach kehrte er nach Culm zurück, um eine Privatklinik zu gründen, die in medizinischer und sanitärer Hinsicht gut ausgestattet war und auch eine bedeutende Rolle durch ihre wissenschaftliche Forschungs- und Lehrtätigkeit spielte. In dieser Zeit entstand ein Teil der etwa 200 wissenschaftlichen Arbeiten Rydygiers einschließlich der Position „Lehrbuch der genauen Chirurgie“. In seiner Klinik in Culm führte Doktor Rydygier die weltweit erste Gastroduodenostomie bei einem Patienten mit Tumor aus. Ein zweiter großer Erfolg Rydygiers war die gelungene Durchführung einer Magenresektion bei einer Person mit einer Geschwürkrankheit, welche am 21. November 1881 erfolgte.
Im Jahr 1887 zog Rydygier nach Kraków (Krakau) um und übernahm einen Lehrstuhl für Chirurgie an der Jagiellonen-Universität. Später im Jahre 1898 wurde ihm die Leitung eines Lehrstuhls für Chirurgie an der Universität Lemberg (poln. Lwów, heute L’viv in der Westukraine) übertragen. In Lemberg übte Rydygier eine intensive chirurgische, didaktische und wissenschaftliche Tätigkeit aus und in den Jahren 1901-1902 nahm er die Funktion des Rektors wahr. Im Jahr 1912 erfolgte die Herausgabe einer Sammlung seiner bisherigen wissenschaftlichen Arbeiten. Rydygier starb plötzlich und unerwartet am 25. Juni 1920 in Lemberg.
Im Jahr 1958 brachte die Gesellschaft Polnischer Chirurgen am Gebäude des Krankenhauses in Chełmno eine Gedenktafel in Erinnerung an die Verdienste Prof. Rydygiers an. Im Museum im alten Rathaus befindet sich eine Dauerausstellung, die Ludwik Rydygier gewidmet ist.